Ο Άγιος Φιλόθεος υπήρξε περίφημος λόγιος κληρικός και υπέρμαχος της ησυχαστικής διδασκαλίας του Γρηγορίου Παλαμά.
Καταγόταν από αξιόλογη οικογένεια της Θεσσαλονίκης, ασπάστηκε τον μοναχικό βίο και χρημάτισε ηγούμενος της Μονής της Μεγίστης Λαύρας στο Άγιον Όρος κατά την περίοδο των ησυχαστικών ερίδων.
Υπέγραψε τον Αγιορείτικο Τόμο για την υπεράσπιση της ησυχαστικής άσκησης (1339 μ.Χ.) και έγραψε δύο σημαντικούς θεολογικούς λόγους εναντίον του Γρηγορίου Ακίνδυνου.
Το 1347 μ.Χ. εξελέγη μητροπολίτης Ηράκλειας της Θράκης και έλαβε μέρος στην μεγάλη σύνοδο της Κωνσταντινουπόλεως (1351 μ.Χ.), η οποία διακήρυξε την ορθόδοξη διδασκαλία του Γρηγορίου Παλαμά με τον περίφημο «Τόμο».
Μετά την απομάκρυνση από τον θρόνο του πατριάρχη Καλλίστου Α’ εξελέγη πατριάρχης (1353 μ.Χ.), αλλά μετά την αποκατάσταση του Καλλίστου, απομακρύνθηκε από τον θρόνο (1354 μ.Χ.), στον όποιο επανήλθε το 1364 μ.Χ.
Κατά την δεύτερη πατριαρχία του υποστήριξε την θεολογία των ησυχαστών και αποδοκίμασε την προσπάθεια των αδελφών Δημητρίου και Προχόρου Κυδώνη να εισαγάγουν στο Βυζάντιο την σχολαστική θεολογία του Θωμά Ακινάτη.
Στην σύνοδο της Κωνσταντινουπόλεως (1368 μ.Χ.) αφορίστηκε ο Πρόχορος Κυδώνης και ανανεώθηκε το κύρος του Τόμου της συνόδου του 1351 μ.Χ.
Άσκησε με μεγάλη σύνεση τα πατριαρχικά του καθήκοντα και έδειξε ιδιαίτερο ενδιαφέρον για την οργάνωση των Εκκλησιών Ρωσίας, Σερβίας, Βλαχίας, Βουλγαρίας κ.ά., στις οποίες διαδόθηκε η ησυχαστική θεολογία και πνευματικότητα.
Στις σχέσεις του με τον παπικό θρόνο υποστήριξε την ανάγκη σύγκλησης Οικουμενικής συνόδου για την αντιμετώπιση των διαφορών.
Έγραψε θεολογικές πραγματείες και λόγους για την υποστήριξη του Ησυχασμού, όπως επίσης βίους και ακολουθίες αγίων.
